Anualmente se elabora el programa de investigación, considerando las necesidades de investigación en el área pesquera y acuícola. La proposición de proyectos es realizada por los Consejos Zonales y el Consejo Nacional de Pesca. La Subsecretaría de Pesca formula el programa y el Consejo de Investigación Pesquera prioriza los proyectos a financiarse durante el año.
La investigación pesquera se orienta a la ejecución de procedimientos de evaluación de las principales pesquerías nacionales, con el propósito de determinar el estado de explotación en que se encuentran los recursos hidrobiológicos y las pesquerías asociadas, considerando aspectos biológicos, pesqueros, económicos, sociales y ambientales.
La investigación en acuicultura se orienta a las investigaciones que permitan determinar las condiciones en que deban realizarse los cultivos de especies hidrobiológicas, en equilibrio con el ecosistema.
Los programas de investigación consideran proyectos dirigidos al estudio de seis áreas de investigación o subprogramas: pesquerías de peces pelágicos, pesquerías de peces demersales, pesquerías bentónicas, pesquerías de crustáceos, estudios pesqueros y medio ambiente, y acuicultura.
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